新农合的费用可以通过两种方式进行返还：一种是在医疗消费过程中直接报销，另一种是在年底结算时进行报销。在医疗消费过程中，农民可以凭借自己的新农合卡进行医疗费用的结算，医院会直接向新农合系统报销。

而在年底结算时，农民需要将自己全年的医疗费用进行汇总，然后向当地的新农合管理部门进行申报，待审核通过后，费用会直接返还到农民的银行账户中。