根据税务的相关规定，超市使用银行卡满100减10元的优惠政策，属于商业折扣，应按照扣除折扣后的金额确认收入金额，开具发票时，将折扣额和销售额要在同一张发票上分别注明。

因此，超市在开具发票时，应该按照实际支付的金额开具发票，即100元，而不是扣除优惠后的金额90元。同时，由于商业折扣的主体是“企业”，是企业给与折扣才是商业折扣，所以超市应该向客户开具100元的发票，而非90元。