市正科和乡正科在多个方面存在显著区别。首先，从行政级别上来看，市正科和乡正科分别代表了市和乡两级行政单位的正科级干部，虽然都是正科级，但在具体的职务和职责上存在明显的差异。

其次，从管辖范围和影响力来看，市正科所负责的工作范围更广，影响力也更大，而乡正科则更侧重于基层工作，与群众的联系更为紧密。最后，从经济待遇和发展前景来看，由于市和乡的经济水平和资源条件不同，市正科和乡正科在收入、晋升机会等方面也可能存在差异。综上所述，市正科和乡正科在行政级别、管辖范围、经济待遇等多个方面都存在明显的区别。