南京市在职职工可以通过以下步骤在线提取公积金：

首先，登录南京市住房公积金管理中心官方网站，注册个人账号并进行实名认证。

然后，在个人账号中选择提取公积金的功能，并填写相关信息，如提取金额、提取原因等。

接下来，上传相关证明材料，如身份证、劳动合同、银行卡信息等。

最后，等待审核结果，一般会在一定时间内完成审核并将提取金额转入个人指定的银行账户。需要注意的是，提取公积金的具体规定可能会根据政策变化而有所调整，建议在操作前仔细阅读相关规定或咨询当地住房公积金管理中心。