一般来说，总公司发放的奖金不会算入员工的社保缴费中。这是因为社保缴费是根据员工的工资基数来计算的，而奖金通常是根据公司的业绩或者个人绩效进行发放的一次性补贴性收入，与员工的基本工资并不一致。当然，具体情况还需根据当地的社保规定及企业的奖金管理政策确定。需要注意的是，一些特殊奖金，如年终奖或13薪等，可能会被计入员工的社保缴费中。