秦朝时置县，隶属东郡。西汉时属兖州东郡，东汉时属兖州济北国。三国时属魏地，隶属东平郡。西晋时隶属东平国。南北朝时，刘宋置济州，东阿属之。北魏时，东阿县属济州。北齐时，济州改为济北郡，东阿属之。隋开皇初年，隋文帝杨坚改济北郡为济州，东阿属济州。唐武德四年（621 年），济州改为鲁州，东阿属鲁州。唐天宝元年（742 年），唐玄宗李隆基改鲁州为济州，东阿仍属济州。五代十国时，东阿属后周济州。北宋时，东阿属郓州。金朝时，东阿属山东西路东平府。元朝时，东阿初属东平路，后属中书省。明朝时，东阿属兖州府东平州。清朝时，东阿属泰安府。
1912 年，民国政府建立后，东阿隶属山东东临道。1928 年，东阿直属山东省。1949 年 8 月，东阿县隶属平原省聊城专区。1952 年 11 月，平原省撤销，东阿县隶属山东省聊城专区。1967 年 3 月，聊城专区改为聊城地区，东阿县隶属聊城地区。1998 年 3 月，聊城地区改为聊城市，东阿县隶属聊城市。