惠州零散废水的环保办证流程包括以下七个步骤：

1. 填写申请表；

2. 提供企业资质证件和环评报告；

3. 进行废水监测，分析样品中的污染物；

4. 编制治理方案，并进行污染物排放分析评估；

5. 聘请第三方机构进行审核；

6. 根据审核结果进行改进和整改；

7. 完成验收，并办理环保证书。整个流程需要企业投入一定的时间和费用，但是可以保证废水的排放符合环保要求，同时也能够为企业提供更完善的环保体系。