私标厂房的备案和补充合同协议具有不同的法律效力，因此需要结合具体情况来判断哪个更具效力。

如果私标厂房的备案文件是官方出具的正式文件，那么其法律效力通常高于补充合同协议。备案文件通常会详细描述厂房的规格、面积、位置、环境等重要信息，并经过相关部门的审批和公示，具有较高的权威性和可信度。因此，如果存在备案文件与补充合同协议不一致的地方，应以备案文件为准。

然而，如果补充合同协议是经过双方协商后达成的一致意见，并且在官方备案之前就已经签署，那么其法律效力也可能同样具有法律效应。在这种情况下，双方可以通过补充合同协议对原有合同进行补充、修改或变更，只要双方同意并签署，就可以作为双方履行的依据。

总之，私标厂房的备案文件和补充合同协议具有不同的法律效力，需要根据具体情况来判断哪个更具效力。如果无法确定，建议咨询专业律师以获取更准确的信息和建议。