需要返还多发部分因为总包公司作为代发工资的中介机构，应该按照合同约定事先给分包公司打款，再由分包公司给员工发放工资。

如果总包公司多发了钱，那么这笔多发的钱实际上是从分包公司和员工的工资中扣除的，因此需要返还多发的部分。

如果不及时返还，会对分包公司和员工的正常生活带来困扰。

另外，在日后的工作中，企业应该加强内部管理，遵循相关法规，规范员工工资的发放，避免类似问题的再次发生。