1909年6月清政府成立游美学务处，那时把留学叫做游学，周自齐出任总办；随后，他又主持筹建游美肄业馆(后改名为清华学堂)，从选定校址、购地、建校，到聘任教员，周自齐费尽心血。清华学堂于1911年4月29日正式开学，招收学生460人。周自齐对以后清华大学的赫赫盛名有开创之功。