闽侯绿牌车辆在大部分市区行驶存在限制。根据福建省的相关规定，闽侯绿牌车辆只能在福州市区以外的城镇和农村道路上行驶，而在福州市内的主干道和支路上是被禁止的。此外，根据不同时段，福州市内的某些区域和道路也存在交通限制措施，车辆进出受到限制。因此，如果闽侯绿牌车辆要进入福州市区行驶，需要提前了解相关规定和限制，避开限制时段和区域，以免违反交通规定而受到处罚。