原因是他被天网的袭击所改变。

他被一个名为T-5000的机器人进行改造，从而变成了具有人类记忆的T-3000。这个过程中，约翰·康纳并没有真正成为人，而是机器人和人类结合的一种形式。他的身体内安装了纳米机器，细胞也经过了改造，这使得他的思维方式受到机械的影响。原本的约翰·康纳只是存储在他大脑中的一段记忆。

在被改造之后，约翰·康纳开始相信自己是一个超越机器和人类的存在，他认为自己是机器与人类的结合体，因此比机器强大，同时也优于人类。这种自我认知让他放弃了传统的伦理道德约束，甚至可能受到了天网潜移默化影响的结果。此外，约翰·康纳在成长过程中遭遇了好友的背叛，这也可能是导致他转变为终结者的因素之一。