高铁太仓至南京共经过13站，分别为太仓站、昆山南站、苏州北站、无锡东站、常州北站、丹阳北站、镇江南站、南京西站、南京南站、浦口北站、江宁西站、溧阳站、南京站。其中，太仓站为起点站，南京站为终点站。在这13个站点中，还有一些可供换乘其他线路的站点，如南京南站可换乘地铁1号线、3号线；南京西站可换乘地铁2号线；江宁西站可换乘地铁15号线等。