新农合镇卫生院的报销比例是40%。村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。