氢原子和氢离子是氢的不同存在形式，它们之间存在一些明显的区别：
1. 定义上的区别：氢原子是氢的核素氕(H)形成的原子，而氢离子是氢的核素氕(H)形成的阳离子。
2. 结构上的区别：氢离子在原子核内，任何原子核都含有质子。一些氢离子（重氢离子D^+和超重氢离子T^+）的原子核内有中子(n)，和质子不同。
3. 形成方式上的区别：氢离子在溶液中的形成，通常由酸在水中电离产生，实际上叫做水合氢离子(H_{3}O^{+})。一些酸式盐在电离时也能直接形成氢离子，如硫酸氢钠(NaHSO_{4}==Na^{+}+H^{+}+SO_{4}^{2-})；水自身也会电离出极少量的氢离子和氢氧根离子。