伊尔库茨克拥有两个机场：伊尔库茨克国际机场和伊尔库茨克艾珀洛夫机场。其中，伊尔库茨克国际机场是伊尔库茨克最主要的机场，位于市区南部，距离市中心约8公里，是通往俄罗斯远东地区和其他国家的关键性机场；而伊尔库茨克艾珀洛夫机场则位于市区北部，主要服务于本地区的小型飞机和直升机航班。两个机场的运营和维护由不同的管理机构负责，旅客可根据自己的需求选择合适的机场。