口岸开放初期通关时间由每日早上9时至下午5时。由于落马洲的车辆流量较文锦渡为大，渐渐便成为香港与中国内地间最主要的陆路口岸，通关时间亦不断延长，2001年12月1日延长至早上6时30分至凌晨零时。

2003年1月27日，为应付凌晨时分市民往返内地的需求，正式实施24小时通关。