二手商品房未满两年，个人所得税按照所得额的20%缴纳，与备案价格没有直接关系。备案价格一般是指房屋交易过程中的过户价格，而个人所得税的缴纳则是按照房屋转让收益的20%计算。

如果二手房交易的过户价格高于备案价格，那么个人所得税则是按照高于备案价格的部分计算。换句话说，备案价格只是给房屋交易流程提供一个参考价，但是不会直接影响到个人所得税的计算。需要注意的是，如果卖方在售房款项到账后没有及时向税务部门缴纳个人所得税，那么将会面临罚款甚至罚款加拘留的处罚。