灵谷景区和明孝陵都是南京钟山风景名胜区的重要部分，各自具有独特的魅力。究竟哪个更值得去，取决于您的兴趣和喜好。

灵谷景区：

1. 灵谷景区位于南京紫金山南麓中山陵东，包括今灵谷寺、灵谷塔、无梁殿、宝公塔等众多名胜古迹。

2. 景区内的灵谷寺是一座有着悠久历史的寺庙，古朴典雅，环境优美。

3. 灵谷景区是南京钟山风景名胜区的组成部分，与中山陵、明孝陵景区共同组成钟山风景名胜区三大核心景区。

明孝陵：

1. 明孝陵位于南京钟山风景区内，是明朝开国皇帝朱元璋与皇后马氏的陵寝，始建于公元1381年。

2. 明孝陵景区以陵宫区为主，包括大金门、四方城、神道等附属设施，以及周边的下马坊、梅花谷、梅花山、明东陵、紫霞湖等景点。

3. 明孝陵景区的核心景点是明孝陵本身，陵墓的朱墙上都是历史的痕迹，极具历史价值。

综上所述，如果您对历史古迹感兴趣，尤其是明朝历史，那么明孝陵景区更值得一游。而如果您喜欢寺庙和自然景观，可以选择灵谷景区。当然，如果时间允许，两个景区都可以游览，以便全面了解南京钟山风景名胜区的魅力。