开票商品编码不对可能会导致以下后果：

税务问题：如果开票商品编码与实际不符，可能会导致税务问题。因为每个商品都有其特定的税收编码，如果开出的发票与实际销售的商品不符，可能会导致税务部门认为存在偷税漏税的行为。

客户信任问题：如果开出的发票与实际销售的商品不符，客户可能会对公司的诚信度产生怀疑，进而影响公司的声誉和业务发展。

法律责任：如果开出的发票与实际销售的商品不符，情节严重的话，可能会面临法律责任。

因此，为了确保开票商品编码的准确性，建议在开具发票前仔细核对商品编码信息，以避免不必要的麻烦。