甄嬛父亲曾经染上了鼠疫，在剧情中经历了千辛万苦的治疗过程。虽然他的情况一度危急，但最终在宫廷医生们的精心治疗和护理下，逐渐康复。

在剧集中并没有明确提及他最终是否痊愈，但从后续剧情来看，甄嬛父亲在未来的场景中仍然出现，显示他已经康复。因此，我们可以合理地猜测，甄嬛父亲的鼠疫已经被治好了。