个体户汽修店需要在每个季度结束后向税务机关申报季度报。首先，要将季度的销售额、成本、费用等相关数据记录在账目中，然后根据税务机关的要求填写申报表格，包括纳税申报表、增值税申报表等，并按照规定时间将表格提交给税务机关。

在申报过程中需要注意填写准确无误、资料齐备，并按照规定时间完成缴税手续，以防发生税务纠纷。