有的用人单位不同意员工的工伤认定的原因：

参加社会保险的职工发生工伤事故，如果职工在发生事故后不辞职，那么大多数的赔偿都由劳动局出，比如一次性伤残补助金，医药费等。

但是如果职工辞职，则单位还要负担一次性就业补助金和一次性医疗补助金，这才是赔偿的主要方面，而且额度比较高。所以一般单位在员工不想继续干的时候，不同意工伤认定。