建三合院是否算违建房，需要根据具体情况来判断。如果建设三合院符合当地的城乡规划、土地使用规定等相关法律法规，且获得了相关部门的批准和许可，那么就不属于违建房。但是，如果没有获得相关批准或违反了相关规定，就可能被视为违建房。因此，建议在建设前咨询当地相关部门，了解具体规定和要求，确保合法合规。