清理编制外人员的主要单位是政府机关、事业单位和企业。在政府机关方面，清理编制外人员是指清理当地政府机构中未经正式录用、以非正式方式加入工作岗位并从事实际工作的人员。这些人员不在机构编制内，不具有公务员身份，也不享受与之相应的待遇和福利。

事业单位方面，清理编制外人员则是指清理医院、学校、科研院所、文化和体育事业单位等领域中的非编制在编职工。这些人员虽然已经加入了工作单位，但是从事的岗位不在编制范围之内，因此不能像在编人员一样享受相关的待遇和福利。

在企业方面，清理编制外人员一般指清理企业中非正式编制的劳动者，这些人员大多数是临时工、合同工、外包人员等，不在企业正式编制内，也没有签订正式的劳动合同，享受的工资福利待遇要低于正式职工。