微信付款扣零钱通的过程是这样的：首先需要有零钱通余额，若付款金额小于或等于零钱通余额，则直接扣除零钱通余额完成交易；若付款金额大于零钱通余额，则从绑定的银行卡中扣除差额，再从零钱通中扣除付款金额，最终完成交易。需要注意的是，如果绑定的银行卡余额不足以支付差额，则支付交易将失败。同时，为了保障付款安全，微信付款也进行了一系列的防欺诈措施，如登录验证、支付密码等。