马岛之魂舅舅叛变的原因是因为他被俄军所俘虏，并被迫与对方合作。而且他的个性有些独特，一直以来都渴望得到更多的权力和财富。当他发现有机会通过叛变来实现自己的野心时，他就做出了这个决定。此外，身为舅舅的他也对主角智惠抱有一些复杂的情感，这也可能是他叛变的一个原因。总之，马岛之魂舅舅的叛变行为是由多重因素所导致的。