霉菌发酵的原理是利用霉菌中的酶系和微生物菌群共同作用，将原料中的糖类（如淀粉、葡萄糖等）转化为乙醇和二氧化碳。

在这个过程中，霉菌释放的蛋白酶、肽酶等可以分解原料中的蛋白质，生成胨、多肽和氨基酸等物质，从而使得发酵后的食品鲜美醇厚、后味绵长。

同时，霉菌也能在发酵过程中产生丰富的酶系，如淀粉酶、葡萄糖苷酶等，以进一步促进发酵反应的进行。