扣押机票包干费是违法的。按照《中华人民共和国民航法》第69条规定，旅客购买了符合交通承运人规定并已支付航空费用的机票，有权按照正常程序办理登机手续，若航班取消或延误，承运人应承担相应责任，给予旅客补偿。

因此，扣押机票包干费是违反了旅客合法权益和承运人责任的行为，如果遇到这种情况，旅客有权利要求承运人提供合法、合理的解决方案。