建房两层窗户的大小应该根据自己的需求和房间的大小来决定。首先要考虑的是通风和采光，大一些的窗户可以使室内空气流通，阳光充足。其次要考虑的是安全性，大窗户可能增加安全隐患。最后要考虑的是外观美观和能源效益，尽量选择保温效果好的玻璃。一般来说，建筑师会设计出适合房间大小和应用环境的合理窗户大小。