1、参保时间不同：灵活就业医保是从缴费当月起就可以享受医保待遇的;而城乡居民医疗保险需要集中参保，享受待遇的时间为次年的1月1日至12月31日。

2、缴费不同：灵活就业医保有个人账户，里面的余额可以在定点医院或者药店购买药品使用;而城乡居民医疗保险是没有个人账户的。

3、享受医保时间：灵活就业医保缴纳满25年之后，就可以终身享受医保待遇;而城乡医疗保险则为交一年保费才能享受一年保障，不交就没有保障。