公司代发代扣和转账各有优缺点，具体选择取决于您的需求和情况。

代发代扣是指企业委托银行支付员工工资、奖金、退休金等，以及代收公共事业费用、个人贷款、税款等。这种方式的优点在于，通过银行转账可以保证资金的安全性和准确性，同时避免现金管理的麻烦。此外，代发代扣还可以提高企业资金的使用效率，减少资金占用和财务成本。但是，代发代扣也有一些限制，例如需要提供员工个人信息和银行账户信息等敏感信息，存在信息泄露的风险。

转账是指通过银行将款项从付款方的账户中转到收款方的账户中，完成货币收付的一种银行货币结算方式。这种方式的优点在于，可以避免现金管理的麻烦，并且可以随时随地完成转账操作，方便快捷。但是，转账需要支付一定的手续费，对于大额转账可能会增加一定的成本。此外，转账也需要提供收款方的账户信息和银行账户信息等敏感信息，存在信息泄露的风险。

因此，选择代发代扣还是转账取决于您的具体需求和情况。如果您需要保证资金的安全性和准确性，避免现金管理的麻烦，并且希望提高企业资金的使用效率，那么代发代扣是更好的选择。如果您需要随时随地完成转账操作，并且希望降低成本，那么转账是更好的选择。无论选择哪种方式，都需要注意保护敏感信息的安全性。