两兄弟共同出资自建房，可以选择在当地公证处进行公证。他们需要准备好相关的房屋自建计划书、资金拨款证明、合伙协议等相关文件，并前往公证处递交材料并进行公证。

公证处将对他们的身份和签署文件的真实性进行核实，并在文件上盖章确认，从而使自建房的合作关系得到法律的保障和认可。

公证后他们将获得一份公证书作为法律凭证。