海南轮渡过海，如果要避免拥堵，可以选择珠海九州港口或者湛江外洋港口。两个港口交通便利，而且对海南来说也是距离较短的跨越海峡的口岸，适合选择。

珠海九洲港口的客流量相对较大，但是海南轮渡频次较高，出行时间较为灵活；湛江外洋港口较为小众，但是上岸之后也可以进入广东省内，可以进行更多的选择和规划。因此，海南轮渡选择珠海九洲港口或者湛江外洋港口是比较合适的。