1、参保的险种不同：灵活就业参保只会缴纳养老保险和医疗保险，挂靠单位五险都会参保。

2、缴费的基数不同：灵活就业参保的是城乡居民社保，缴费基数按照上年度全省在职的职工平均工资来确定。挂靠单位参保的是城镇职工社保，缴费基数按照参保人的年度月平均工资来确定。

3、享受的待遇不同：灵活就业参保城乡居民社保，只能享受养老保险待遇与医疗保险待遇。挂靠单位参保的是城镇职工社保，可以享受除了养老保险、医疗保险之外的其他三险。