三方协议签订后，通常会制作一份正式的档案，并将其存档。这份档案可能会被寄到公司，也可能只是被存档而没有邮寄。具体情况可能取决于协议中的内容、参与方之间的关系以及相关法律法规的规定等。无论如何，如果您担心档案的去向，建议与协议中涉及的各方进行确认，并注意保持相关记录。