北京新社保系统进行减员操作的具体流程可以参考以下步骤：

首先，雇主需登录北京新社保系统，在员工信息管理模块选择减员操作；

然后输入需要减员的员工信息，包括个人身份信息、离职原因等；

最后，进行提交审核，等待系统审核通过后，员工的社保信息将自动注销。具体操作步骤可能会以系统更新而有所调整，请按照最新的系统指引操作。