公司账户被冻结的不能再使用电子承兑。如果企业单位的银行账户被司法机关采取冻结措施的，该账户就不能再办理任何支付结算业务了，而电子承兑在办理过程中，涉及到银票保证金缴存、银行授信部门后台审核，对于被冻结账户，银行授信审批时不会予以批准办理。