主要的区别在以下三个方面：

1.缴费比例，公司交公积金所需要的费用，由个人以及公司共同承担，且承担比例相同，相关费用会全数进入个人公积金账户;而个人交社保需要承担全部的费用，而且缴费的上限低于公司交公积金。

2.手续办理，个人交公积金需要个人前往当地的公积金中心办理手续，有公司交公积金的，相关手续则直接由公司负责。

3.缴费资格，公司交公积金是全国统一的，但并非所有的地区都支持个人直接缴纳公积金，所以部分地区个人并不具备缴纳公积金的资格。