敦煌莫高窟的消失有多方面的原因，包括自然因素和人为因素。

1.自然因素方面，敦煌莫高窟所在的敦煌盆地气候干燥，风沙较大，对洞窟造成了严重的破坏。此外，莫高窟位于鸣沙山下，地表水和地下水资源都非常有限，加之人为因素的破坏，都对莫高窟的保护造成了巨大的压力。

2.人为因素方面，历史上的战争、王朝更迭、政治动荡以及天灾人祸等因素都对敦煌莫高窟造成了不同程度的破坏。特别是近代以来，由于战乱和政治动荡，莫高窟遭到了严重的破坏，大量的壁画和文物被损毁或遗失。