水井坊公司的控股权归属于贵州茅台酒股份有限公司。贵州茅台酒公司通过收购水井坊公司股权，成为其最大股东，控制着水井坊公司的经营和战略方向。此举旨在加强贵州茅台酒业在高端白酒市场的份额，并进一步巩固其在中国白酒市场的主导地位。

水井坊公司则受益于贵州茅台酒公司先进的管理经验与技术，加大开拓国内外市场的力度。