验光师证不同机构发的证在性质上是相同的，都是国家承认的。但是，不同机构发的证在具体要求和考试难度上可能会有所不同。

例如，卫生部和劳动部都颁发验光师证，但它们的考试难度和要求可能会有所不同。此外，不同机构发的证在具体细节上也可能会有差异，例如考试科目、考试形式等。

因此，如果您想获得验光师证，建议您选择正规、权威的机构进行培训和考试，以便获得高质量的证书。同时，在选择机构时，您也可以考虑机构的声誉和口碑，以及是否符合国家相关规定和标准。