玻璃奶瓶最常用的消毒方法是开水煮沸消毒，也可以使用蒸汽消毒。

在进行开水煮沸消毒时，首先需要在流动的清水下，使用干净的刷子将奶瓶从里到外刷洗干净；然后取出奶嘴及其他橡胶制品，将奶瓶放入开水中，煮沸消毒5～8分钟左右，然后再将奶嘴及其他橡胶制品放入开水中，再煮沸消毒3～5分钟左右。最后擦干使用。

蒸汽消毒是使用专门的蒸汽消毒锅或奶瓶消毒器，进行奶瓶的消毒，操作期间比较方便。在进行蒸汽消毒前，也需要将奶瓶清洗干净，然后将奶瓶中的奶嘴拆下来，将瓶身倒立放入消毒器皿，奶嘴放在特定的位置，最后盖上盖子，插上电源即可。

一般来说，需要进行每天一次的玻璃奶瓶消毒，每次喝完奶后，建议清洗一次奶瓶，可以有效得预防病菌感染或繁殖，降低宝宝感染病菌的几率。