肾囊肿手术医保能报销50%。因为在职职工，到医院的门诊做肾囊肿手术1800元以上的医疗费用才可以报销，报销的比例是50%，比如：花费1800的50%就是报销900元，所以肾囊肿手术医保能报销50%。