拼多多播种缺一件货的扣款金额并非固定，它受到多个因素的影响，包括商品的价格、缺货的严重程度、卖家的历史表现等。

一般来说，如果卖家缺货，拼多多平台会首先与卖家沟通，要求其在一定时间内补充货物或提供解决方案。如果卖家无法在规定时间内解决问题，平台会根据具体情况对卖家进行扣款处理。扣款金额可能是订单金额的一定百分比，也可能是固定的罚款金额。为了避免不必要的损失，建议卖家在拼多多平台上经营时，务必确保货物的充足和及时发货。