运河穿黄河工程的原理是利用大坝把黄河的水体拦住，在黄河的两岸挖掘水道，把黄河的水引入到水道里，通过水道把黄河的水引到另一侧的大坝，并借此渗透到深处，防止水流冲击大坝引起安全问题。

该工程可以实现将黄河划分成上下两段，让黄河下游区域的干旱地区获得灌溉，大大增加了农作物的种植面积和水利建设的效益，同时也解决了黄河流域洪涝灾害的问题。