自然人扣缴端重复申报可以通过以下步骤进行撤回：

1. 登录税务局网站，进入“个人所得税”栏目，选择“自然人扣缴端”并进入。

2. 在“申报查询”页面中，找到重复申报的申报记录，点击“删除”按钮。

3. 系统会提示“是否真的要删除该条记录”，点击“确认”即可删除该条重复申报记录。

4. 如果删除后还有其他问题需要处理，可以联系当地税务机关咨询或处理。

需要注意的是，删除申报记录后，对应的纳税人应及时补正申报并缴纳相应税款。