区别就是：

1.名称不同。

一个是省，一个是市。

2.资金来源不同。

省编医院是由省财政负担，市编医院是市财政负担。

3.行政归属不同。

省编医院归省政府卫生部门领导。市医院归市政府卫生部门领导。