企业支付咨询费用时，可以通过银行代扣代缴的方式实现。具体操作流程为，与供应商协商好费用金额和付款模式后，向银行提交相关付款申请，银行会在规定的时间内自动扣除企业账户的相应款项进行代缴。

企业需保证账户余额充足以避免逾期或不足交付造成的不便。此外，企业还需要保留好相关发票和付款凭证，并定期核对账单以确保费用正确。