昆山农保住院报销流程如下：

参加了新型农村合作医疗保险的患者可凭本人有效证件、医疗卡，经确认身份后，在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构可直接刷卡报销，在区内及区外市内定点医疗机构住院，出院结帐时可直接刷卡报销。

在市外二级及二级以上公立医院住院治疗的参保患者，应在出院后的3个月内，由参保人或其家属带医疗费用原始发票、住院医疗费用汇总明细清单、出院小结、门诊病历、医疗卡、患者身份证、户口簿、经办人身份证到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。

特殊病种门诊报销可持二级及二级以上定点医疗机构出具的病例以及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等资料以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》向新农合业管中心提出申请，经审核批准后，其门诊医药费用可以列入新农合基金的报销范围，可按照住院报销标准以年度为单位进行报销。